西班牙人先交納了一半的賠償金，然後中華軍這邊負責幫助他們尋找船隻，港口裡面的商船這個時候還沒什麼人來認領，既然這樣中華軍也不客氣，全部都劃歸自己的名下，然後又將這些船隻高價賣給西班牙人，好使得他們能離開呂宋島，等到西班牙人全部登船之後由中華軍的戰艦護送離崗，這個時候西班牙人再交納剩下的另一半的賠償金。
這期間中華軍這邊並不收繳西班牙人的武器裝備，以便他們能夠有一定的自保能力，但是爲了避免出現意外，中華軍在城中開闢了一條專用的路線，兩邊都有中華軍的軍隊駐紮，西班牙人只能從這條規定的道上離開呂宋島，並且一些行動都要在中華軍的監視之下，以免出現什麼岔子。
五月二十二號，在中華軍的嚴密監視和控制之下，一萬多名西班牙人從呂宋島上撤離，帶走了周圍大部分的居民和商人，他們還算是幸運的，至少他們離開的時候生命財產上面是有保障的，不過幾名呂宋的高官這個時候卻是一臉的沉重，呂宋在他們的手中被弄丟了，這簡直就是恥辱，很多人暗暗下定決心，有生之年一定要收回這座從他們手中丟掉的島嶼，這引發了雙方接近十年的戰爭，這是後話這裡不提。
西班牙人從王城之中撤出來之後，中華軍這個時候的戰鬥任務基本上就算是徹底完成了，由於受到戰爭破壞和影響比較小，所以馬尼拉和呂宋的恢復生產活動很快就要展開，島上的華人這個時候也都放下心來，西班牙人被趕走之後他們暫時不再擔心來自西班牙人的報復了。
因此他們很快的就投入到了戰後的恢復和重建工作了，之前華人的居住點受到了一些炮擊的損害，這一段時間中華軍也一直在幫助他們重建房屋，加上數萬民百姓的幫忙，因此很快就在之前的舊址之上重新建立了新的民居，而遭受一定破壞的城牆這個時候也要加以修繕。正好這個時候中華軍這邊得到了西班牙人的戰爭賠償，於是便花錢僱請百姓們幫助軍隊修繕城牆。
因爲之前西班牙的幾名高官當着全體華人的面向華人鄭重道歉，因此華人這個時候對於中華軍的親近和信賴得到了極大的提升。
這個時候馬尼拉已經成功的打下來了，而項玉一直以來一直就想要的人口卻不如他所料的那麼多。馬尼拉的華人只有十多萬，這還是整個呂宋島上的大多數了，因此跟項玉之前估計的人口有一定的差距，不過加上安北市的兩萬多華人，這個時候中華軍的治下的華人的數量也已經達到了十五萬了。這個數量其實也算是很可觀了，雖然跟大陸上的一省無法相比，但是中華帝國目前所有的人口加起來已經接近九十萬了，並且還在增加之中，九十萬人按照七戶出一的比例，至少能夠提供三到四萬的軍隊可供招募，這已經是一個很客觀的數字了，而且呂宋島上的華人應該也不止十五萬這麼少，因爲還有很多的地方這個時候中華軍的勢力還沒有延伸過去。
就在西班牙人離開五天之後，中華軍便分成了五隊。每隊三百人，分別前去周邊的村落去接管西班牙人的財產和產業，這個時候馬尼拉的周圍有很多西班牙人的村莊，這裡面大多數都僱有一些保衛人員，主要是當地的土著人，西班牙人將他們僱傭成爲莊丁，平時就是農莊的勞動力，戰事就成了農莊的土軍隊，他們裝備有簡陋的武器，人數衆多。有的莊子比較大，因此裡面甚至還會裝備火槍，但是目前爲止還沒有聽聞哪個莊子的武裝人員的數量超過了三百人，所以中華軍便將軍隊分成三百人一組。前去清剿這些土部隊，因爲他們雖然人數不多，但是莊園的數量很多，要是萬一他們聯合起來一起發難，對馬尼拉的威脅還是很大的。
馬尼拉城受到外來軍隊的進攻的消息這些莊園的莊主這些天也都有聽聞，前幾天西班牙人準備乘船離開的時候還派遣士兵前來送信。說是讓他們一起離開，只是這些莊園的莊主們對中華軍嗤之以鼻，他們並沒有聽聞過這支部隊，雖然對於他們能夠擊敗馬尼拉城裡的西班牙的軍隊感到十分的吃驚，但是他們對於自己的安全倒是並不怎麼擔心，除了一些靠近馬尼拉的莊園莊主隨着西班牙人離開之外，更遠一些的這些人都對中華軍的通知視而不見。
對此項玉自然是豪不縱容的，這些人對於地方的危害實在是太大，加上他們手裡都佔據着大片的農田，因此馬尼拉想要更進一步的發展，就必須從這些莊主的手中將他們田地搶過來，不然馬尼拉的糧食的供應很容易就會受制於人，這顯然不是項玉想看到的。
這些西班牙的莊主們對於中華軍的這種決心並不瞭解，因此在見到莊園外面的軍隊的時候第一個感覺都十分的錯愕，有些人選擇了抵抗，有些人則選擇了投降，對於這些人項玉之前早有規定，對於那些抵抗的人則一定要嚴肅處置，殺一儆百，以儆效尤，對於中這些選擇投降的人，則稍微寬帶有點，准許他們擁有一定的財產，當然大部分的財產是要充公和沒收的。
馬尼拉周圍的農田的面積比較大，畢竟是供應超過三十萬人口的糧食，因此大規模的清剿活動一直持續了十多天，一共收回了三百多個莊園，其中大部分人都乖乖的向中華軍投降了，也有一些人選擇了抵抗，他們的最終下場無一例外都攻破了莊園的防禦，然後將財產沒收莊主抓捕投入大牢。
通過收回這些人手裡的田產，中華軍目前一共掌握了三十萬畝的土地，按照明朝時候的水稻的平均畝產量，三十萬畝地一年可以產量接近三十萬石，馬尼拉這裡的氣候炎熱，一年可以種植兩季甚至是三季，因此產量勢必會翻倍，因此這些土地已經足夠馬尼拉的糧食的供應了。
三十萬畝地大部分都作爲了中華軍自己的軍屯田，說是軍屯田，但實際上並不會有軍隊來種地，都是租給當地的華人或者土人種植，中華軍這邊收取百分之五十的糧食，剩下的都是耕種的農戶自己的，而且軍屯田也不收取賦稅。
中華軍從收繳的田地之中拿出了十萬畝地分給了華人的農戶，馬尼拉雖然有很多的華人商人，但是大多數百姓還是依靠着種田爲生，他們手裡面的土地有限，因此項玉平均每戶分了三畝地，然後鼓勵每家每戶都去開墾荒地，新開的田地政府負責修建水渠，引水灌溉，並且免費提供農具和種子，三年之內不收取賦稅，這一些列的舉措使得百姓們對於開墾的熱氣極大的高漲，在短短三個月的時間裡面就開墾出來了六十多萬畝的土地，這不僅養活了馬尼拉的數十萬人口，更爲中華軍提供了大量的糧食的收入，爲中華軍日後的軍事行動提供了很大的幫助。
自從馬尼拉的局勢穩定下來之後，項玉便一直十分忙碌，城裡面有很多事情要處理，加上這個時候局面剛剛打開，一些事情都才起步，因此大大小小的會有許多的事情等着他拍板，項玉只好先從當地華人中間選取了一些能力出衆上價的人才填充進入政府部門來，幫助中華軍來處理眼下的事情。
馬尼拉城市裡面這個時候最主要的問題就是土人和漢人之間的矛盾難以調和，這件事情項玉從內心來說肯定是要更加偏袒漢人的，畢竟都是自己的同胞，但是站在長遠的角度出發，呂宋島上畢竟這個時候土人的人口數量更多一些，在這個時候高壓政策並不是很適合，因爲這樣做雖然能夠壓住一時，但是遲早會引起土著人的反抗，等於是給自己埋下了一個長期的定時炸彈，因此這種方法並不可取。
項玉這個時候才知道後世的新中國爲什麼在民族問題上面要搞民族自治，種族問題不好處理的，但是在呂宋島上搞民族自治顯然是不可取的，因爲遍佈各處的都是土人，要是搞個自治區，那漢人就沒有立足之地了，既然這種方法不行，那麼就要想另外的辦法了。
項玉之前就頒佈了一些政策，主要是吸納土著人，建立生番熟番的政策，這個時候因爲中華軍的強大的武力作爲依靠，馬尼拉的土著人表現的海比較順從，因此項玉打算儘早的將這項政策當成法令頒佈下去，以將城內的這十幾萬人給穩定下來。
要做到這一步，首先一個必須要做的事情就是人口的統計，必須將城中的這些土著人全部統計一遍，根據他們的規模給他們安排住所和耕田，最重要的是要建立起他們的戶籍和檔案，這些人都被視爲熟番，相對於其他土人來說有一定的優待，並且會被中華軍首先接納，能夠在馬尼拉的城內正常的生活和工作。