清廷授予蒙古封建主王公爵位，任命爲札薩克（旗長）。札薩克世襲，根據清廷的規定和法令處理旗務，並接受清廷的監督。札薩克之下設協理臺吉、管旗章京、梅倫、筆帖式等僚屬，協理旗務。旗內的土地和屬民由札薩克支配，旗下設佐，爲基本軍事單位，每佐設佐領一人，轄旗丁一百五十人，在旗札薩克領導下，審理丁冊，徵收稅課，排解糾紛，傳遞信件及徵發人丁。佐領之下設驍騎校、領催，協助位領辦理軍政事務。每六佐復設一參領統轄。在佐之下，每十戶設一什長，爲最低一級行政單位的管理人。清統治者爲了不使旗札薩克享有獨立權力，訂出會盟制度，在旗之上設盟，合數旗而成。盟不是實質性的管理單位，只是一種實行監督的組織，一般不設辦理盟務的衙門。只是在盟內各旗會盟時“簡軍實、閱邊防、理訟獄、審丁冊”。盟設正副盟長各一。每3年會盟一次，各盟均有固定的會盟地。盟長由理藩院於盟內各旗札薩克中選人賽清帝任命兼攝。盟長的主要任務是充當會盟的召集人，不能直接干預各旗內部事務，也無權擅自發佈政令，只是對各旗札薩克起監督作用，並充當旗札薩克與清go-vern-ment的中間人。蒙古舊有的部，只在名義上保存下來，不具有任何行政職能。封爵爲：
1親王
2郡王
3貝勒
4貝子
5鎮國公
6輔國公
7札薩克臺吉
8一等臺吉(塔布囊)
9二等臺吉(塔布囊)
10三等臺吉(塔布囊)
11四等臺吉(塔布囊)
12固倫額駙
13和碩額駙
14郡主額駙
15縣主額駙
16郡君額駙
17縣君額駙
外蒙古四部：土謝圖汗，賽音諾顏，車臣汗，扎薩克圖汗，下轄旗八十六個，計：土謝圖汗部20旗，屬汗阿林盟；三音諾顏部22旗，厄魯特2旗，屬齊齊爾巴克盟；車臣汗部23旗，屬克魯倫巴爾和屯盟；札薩克圖汗部18旗及輝特部1旗，屬札克必拉色欽比都哩雅諾爾盟。
青海蒙古共置西蒙古和碩特、綽羅斯、輝特、土爾扈特等部28旗、喀爾喀部及諾門罕1旗，爲1盟，由西寧辦事大臣兼任盟長。
土爾扈特部編旗設盟：在今新疆巴音格楞蒙古族自治州境內的舊土爾扈特部4旗，爲南路烏納思索珠克圖盟；今和布克賽爾蒙古自治縣境內的3旗，爲北烙烏納恩索珠克盟；今烏蘇縣境內的2旗，爲東路烏訥恩素珠克盟；今博爾塔拉蒙古族自治州境內的1旗，爲西路烏訥恩素珠克盟。此外，新土爾扈特2旗，爲青塞特奇勒圖盟；和碩特3旗，爲巴圖塞特奇勒圖盟。
在西套蒙古地區也建立了旗制。阿拉善地區和碩特蒙古，於康熙年間建立札薩克旗；額濟納地區亦建立了札薩克旗，皆不設盟。乾隆年間，杜爾伯特三策凌率部南附清朝後，於1754年（乾隆十九年），建左翼1旗，輝特1旗，爲賽因濟雅哈圖左翼盟；又建右翼3旗，輝特1旗，爲賽因濟雅哈圖右翼盟。