大帆船貿易由西班牙王室獨佔經營，隨着雙方的貿易逆差逐步加大，西班牙王室正計劃對大帆船的船數、噸位、貨物運載量和貿易總值等均加限制，以防價廉物美的大明和亞洲其他國家的商品在拉丁美洲市場上排擠西班牙商品，並防止大量銀元流入明朝。
西班牙人對大明的富庶垂涎欲滴，企圖像征服印加帝國般輕易而舉征服大明。隨萊加斯皮征服菲律賓的西班牙傳教士馬丁·德·拉達在1569年給當時的新西班牙總督寫信，闡述其征服明朝計劃。
馬丁·德·拉達在給新西班牙總督的信中提出：“大明龐大、富裕、有高度文明，城市比歐洲大得多，有城牆加以保衛，如同堡壘一般，大明人一點也不好戰，……他們完全依賴於人多和城牆來防禦，如果堡壘被攻下，他們就完了，……，上帝會幫助我們，只需很少的力量，他們就可以被征服。”
狂熱殖民者雷克爾於1574年1月11日向菲利普二世上報表示：“如果國王樂意調度，只要不到60名優秀的西班牙士兵，就能夠征服和鎮壓他們（指明朝）。”
菲利普二世認爲雷克爾這傢伙就是個瘋子，吹牛皮吹上天了，根本不予理睬。
1576年6月2日，新西班牙總督轄區菲律賓第三任總督弗朗西斯科·桑德在給菲利普二世的彙報中說:“這項遠征需要4000到6000人，配備矛、槍、船、炮和所需要的彈藥，有2000到3000人，便足以佔領所要佔領的省份，用那裡的港口和艦隊，組成海上最大的強國，這是十分容易的，征服一省之後，便足以征服全國。”
1586年4月，馬尼拉殖民當局總督、教會顯要、高級軍官及其他人士在馬尼拉召開會議，討論如何征服大明。與會者一致贊同武力征服大明，草擬了《論征服明國備忘錄》，包含十一款九十七條內容。
菲律賓第六任總督聖地亞哥·德維拉和主教領銜，糾集51個顯貴聯名簽署上報西班牙國王。備忘錄開頭宣稱：“大明幅員遼闊廣大，糧食與果品之豐富繁多和大明市場的繁榮昌盛，……憑着上帝的意志，這就是我們進入這個國家的充分理由。”
1587年，菲利普二世接到來自澳門的殖民主義者修士阿隆索·桑切斯的書信，阿隆索·桑切斯在書信中說：“大明人非常聰明，皮膚白皙，樣貌美麗，屬於高貴人種，大明非常富裕，與印第安人不同，除卻信仰與勇力，其餘都勝過西班牙人。
只需派出一萬或一萬二千西班牙士兵，再僱傭五六千日本人和數量相等的菲律賓士兵，就能輕鬆征服大明，屆時王將把世界上最大的一個民族置於自己的統治之下。”
菲利普二世對該計劃書信大加讚賞，並積極準備採取行動。
菲利普二世完全接受馬尼拉當局上報《論征服明國備忘錄》建議，還於1588年在馬德里設立特別委員會，進一步從政策、戰略、戰術、行動方針、後勤動員和輿論宣傳等方面審查和制訂了進攻明朝的詳細計劃。
菲利普二世親自批准征服明朝計劃書全文十一章七十九節，包括附屬圖表共有數千幅。主要分六大點，分別是：作戰目的、作戰方針、兵力組織、聯合勤務、心裡作戰、作戰指導。
隨着明朝與西班牙之間的貿易逆差越來越大，加上明朝的富庶使得以侵略殖民強國的西班牙王國國王菲利普二世對明朝的財富、人口、經濟市場垂涎欲滴。
但菲利普二世並沒有將征服明朝放在西班牙殖民帝國首要軍事任務中，英格蘭王國的資本主義正處於萌芽狀態，正在尋找海外商業市場，大力發展航海，英格蘭王國正成爲西班牙王國的潛在對手。
1568年9月，一支由英格蘭海盜約翰·霍金斯與弗朗西斯·德雷克率領的奴隸買賣遠征艦隊遭到西班牙海軍突擊，造成數艘艦船於墨西哥韋拉克魯斯沉船，即聖胡安戰役。
聖胡安戰役使西英二國關係迅速惡化，翌年英格蘭王國扣押了數艘西班牙王國派遣至荷蘭支援軍隊的寶藏艦隊。德雷克與霍金斯則加強私掠以突破西班牙在大西洋貿易的壟斷。
菲利普二世自然不允許英格蘭人染指其海外殖民地利益，英格蘭海盜在海上搶劫以及對美洲的掠奪嚴重地威脅到西班牙對海外殖民地的壟斷地位，引起菲利普二世的仇視。
菲利普二世起先不想訴諸武力，決定從內部着手顛覆英格蘭伊麗莎白女王政權，菲利普二世暗中勾結英格蘭天主教勢力，企圖把信奉天主教的蘇格蘭女王瑪麗扶上英國王位。
當西班牙國王菲利普二世正慫恿天主教徒謀刺伊麗莎白另立瑪麗之時，伊麗莎白女王乘機處死於1568年因蘇格蘭政變而逃到英國被所囚禁的瑪麗女王。腓力二世謀殺不成，遂決心用武力征服英格蘭王國。
英格蘭海軍實力並不強大，難以與西班牙無敵艦隊相匹敵，只能依靠海盜頭子約翰·霍金斯、弗朗西斯·德雷克和沃爾特·雷利等人組織的海盜集團在海上襲擊、攔劫西班牙運載金銀的船隻，進行海盜活動。
並迫使無敵艦隊向北航行，在蘇格蘭附近海域，遭到了使無敵艦隊和人員受到嚴重損害的暴風雨天氣。西班牙無敵艦隊只有65艘船返回了西班牙，西班牙國力從此一蹶不振，已經沒有力量同尼德蘭尼德蘭聯省共和國作戰。
1589年，英格蘭也組織了大規模的科倫納·里斯本遠征，但卻沒有成功，反而給英格蘭經濟造成嚴重損失和人員及艦船的慘重損失。
虛雄心勃勃的菲利普二世並不甘心第一次無敵艦隊遠征失敗，於1591年再次發起遠征，阿隆索·德·巴桑率領55艘無敵艦隊軍艦在弗洛雷斯與英格蘭托馬斯·霍華德率領的22艘軍艦和發生戰鬥。