朝鮮國王李昖君臣渡海內附大明，大明朝廷並未接管到朝鮮僅存的南方軍隊。消息傳到南方，朝鮮文武紛紛倉皇出逃渡海前往大明追隨朝鮮王李昖內附大明上國。
朝鮮軍隊更是喪失抵抗信心，日軍第五軍團總大將福島正則率本部五千兵馬，偕戶田勝成、生駒親正、蜂須賀家政、蒲池信義等兩萬五千大軍成功取忠清道。
朝鮮慶尚、忠清、江原、黃海、平安、咸鏡、京畿七道已經淪陷，尚未淪陷的朝鮮全羅道在職官員大部分紛紛跟着出逃內附大明，留下者甚少，整個全羅道處於癱瘓狀態。
全羅道光州的金千鎰、全州高敬命早於6月1日組織義兵抵抗小早川隆景第六軍團，金千鎰、高敬命兩人不得不接管全羅道，暫時穩定全羅道局勢。
李舜臣、元均率領的朝鮮水軍將士得知王廷君臣渡海內附大明上國，水軍士氣低沉。正在修破船的元均也不想修船了，帶着手下五六百殘兵敗將五艘板屋船前往大明追隨流亡內附君臣，只有李舜臣還在猶豫之中。
朝鮮只剩下全羅道得以保全，皆因慶尚道星州郭再祐於4月21日組織義兵，屢次令小早川隆景第六軍團先左大將安國寺惠瓊戰敗，使得小早川隆景第六軍團無法順利進入全羅道。
面對慶尚道、全羅道義兵蜂擁而起，奮勇抵抗，加上全羅道以東多是羣山峻嶺，侵朝日軍第六軍團無法進入全羅道，總大將小早川隆景於是率第六軍團繞道北上從忠清道從北方攻入全羅道。
陸啓航率南洋水師第二編隊搭載陳武、樑雄統領的兩千精兵藉着東南信風渡海北上舟山沈家門港，隨即橫渡東海北上朝鮮全羅道西部沿海，在忠清道與全羅道交界處的錦江南岸臨陂（羣山）登陸。
陳武率一千臺海遊擊將軍府精銳大軍向東趕往最近的全州，增援全州義兵將領高敬命，並帶來了不少輜重補給，義兵急需的箭矢也有數萬支，陳武一千精銳大軍加入，全州義兵士氣高漲，接連伏擊兩支西進的日軍，繳獲不少兵器。
樑雄率一千大軍北上公州，陸啓航也派出幾艘適合錦江內河航運的沙船運送輜重前往公州。忠清道朝鮮官員大多已逃亡，公州出身的趙憲辭官歸故里，散盡家財，與僧人靈圭組織義兵計劃收復清州城。
一千大明臺海遊擊將軍府大軍突然趕來公州，更是堅定了忠清道義兵收復清州城決心。趙憲、靈圭兩人聯合大明臺海遊擊將軍府援軍整頓義兵，開始準備出兵奪回清州城。
陸啓航率南洋水師第二編隊南下全羅道光州，派使者率三百將士爲金千鎰送去大批箭矢兵器補給，金千鎰一幫光州義兵正爲輜重補給困難發愁，對臺海遊擊將軍陳瀚派將士雪中送炭支援感激萬分，更是多了幾分親近。
金千鎰欣然答應陸啓航所派使者提出的聯合抗日，願與大明臺海遊擊將軍府援軍抵抗小早川隆景統率的第六軍團入侵全羅道，並表示願聽從陸啓航指揮抵抗日軍進攻，陸啓航並沒有過多插手義兵內部事務。
陸啓航按照主公陳瀚指示接連派出使者趕赴慶尚道，與慶尚道義兵取得聯繫，協同抗擊侵朝日軍。隨即率南洋水師第二編隊趕往全羅道東南海域，以期與朝鮮水軍匯合後與日本水軍決戰，一舉擊敗日本水軍，奪取對馬海峽制海權。
全羅道東面多是崇山峻嶺，便於義兵阻止日軍入侵，加上慶尚道郭再祐率領的義兵抵抗安國寺惠瓊，鄭仁弘、孫仁甲、金沔也組織起義兵抵抗毛利輝元第七軍團。
朝鮮義兵利用熟悉的地理優勢四處襲擊侵朝日軍，使得侵朝日軍疲於奔命。隨着陳瀚派出大軍增援朝鮮義兵抗擊侵朝日軍，侵朝日軍在朝鮮各地不斷遭到義兵襲擊，損失不小，福島正則手下更有內奸蒲池信義通風報信，出賣友軍。
侵朝日軍在陸上進入全羅道進展不利，負責海路進攻的日本水軍也先後與朝鮮水軍在玉浦海戰失敗後，雙方水軍接連不斷展開較大規模的泗川、唐浦海戰，日本水軍接連在海戰中戰敗，朝鮮水軍也損失不小。
日本水軍依舊掌握着對馬海峽制海權，日本水軍接連在玉浦、泗川、唐浦海戰戰敗震驚了豐臣秀吉。六月廿三日，豐臣秀吉召集後方輸送糧草，命水軍總大將九鬼嘉隆、大將加藤嘉明、脅阪安治統率日本水軍主力進攻朝鮮水軍。
朝鮮王李昖君臣渡海內附大明的消息傳到朝鮮水軍中，朝鮮水軍士氣低落，日軍物見番頭偵知這一消息後，九鬼嘉隆決定趁機對全羅道朝鮮水軍發起進攻。
七月初，日本水軍總大將九鬼嘉隆調集兩百餘艘戰船集結於巨濟島，以脅阪安治爲先左大將率八十艘戰船一千水軍進攻全羅水港唐浦朝鮮水軍。九鬼嘉隆同加藤嘉明隨後率藤堂高虎、龜井茲矩等水軍大將趕至。
隨着朝鮮兩支水軍臨時搭夥作戰，加上元均率領的慶尚水軍屬於客軍，性格魯莽的元均與李舜臣及其手下矛盾加劇，元均更是對李舜臣唯命是從的手下五員大將權俊、裴興立、李純信、金得光、宋希立蔑稱爲李舜臣‘五子’。
朝鮮水軍大營帥帳中，一襲大黑官袍頭戴短展角襆頭，一臉陰沉的李舜臣正召集手下大將道：“殿下渡海內附天子，如今軍中軍心渙散，短期之內怕是不能再戰了。”
“大人，我們如今是爲誰而戰？”年過半百的老將權俊出聲問道：“朝鮮復國還有希望嗎？”
李舜臣看向權俊道：“殿下內附天子，乃是圖存復國之計，朝鮮有上國天子出兵相助定能復國，何況我國乃是大明藩國，大明天子豈能坐視倭賊佔領我朝鮮于不顧。”
裴興立、李純信、金得光、宋希立等人一個個都拉聳着腦袋也不吱聲，如今整個朝鮮只剩下全羅一道未被日軍侵佔，能否保住全羅道都是未知數，驅逐倭賊，恢復國家更是遙遙無期。
帥帳外響起一陣元均雄獅猛吼聲：“李舜臣與他那五子何在啊？”
權俊五人一聽優勢元均那莽夫在辱罵，頓時氣得不輕，紛紛抽刀拔劍衝出帥帳來。
李舜臣隨後趕出來，見元均帶着慶尚水軍將領前來，一臉氣憤不已，又深感疑惑問道：“休要胡言亂語，你不是渡海追隨殿下去了嗎？爲何又回來了？”
“我本來是帶着手下將士準備渡海前往大明追隨殿下內附天子，等待天子發兵復國，豈料我遇到了大明上國援兵，所以我改變主意了。”元均隨即道：“請上國援兵使者”
卻見一名三十來歲一身護胸明光鎧甲的援兵使者朝着李舜臣見禮道：“大明臺海遊擊將軍府南洋水師第二編隊使者朱巍奉陸師長軍令前來，我大明臺海水師願聯合朝鮮水軍一起進攻倭國水軍。”朱巍忙遞上陸啓航行文
“臺海水師”李舜臣接過朱巍遞上的行文看完問道：“陸師長統率南洋水師第二編隊就有五千水師大軍，不知你們臺海水師一共有多少水師大軍？”
朱巍估算一下道：“我們臺海水師一共三支水師，每支水師有三支編隊，每支編隊兵額五千人，一共是四萬五千人，其中有一半是水師陸戰隊。”
李舜臣深感震驚問道：“那你們南洋水師第二師有多少艘戰船？”
“大型戰船六十艘，小型戰船也有二十幾艘。”
李舜臣又問道：“是何等大型戰船？”
一旁的元均扯着大嗓門驚歎道：“使者所乘戰船高大如城，從未見過如此大船。”
“隨我去看看”李舜臣聞言深感驚奇，忙帶着衆將朝着碼頭趕去，見碼頭外海停泊着一艘果真是高大如城的戰船，戰船形似半月，船上有七桅，桅杆高聳，船帆盡數降下。李舜臣驚歎道：“果真是高大如城啊”
“報”一艘偵緝劍船剛靠近碼頭，船上的士兵忙趕來稟報道：“稟報水使大人，倭賊水軍正大舉來犯，戰船多達兩百餘艘，已從巨濟島出發，直奔唐浦殺來。”
元均聞言雄獅猛吼一聲道：“慶尚水軍隨我迎戰倭賊水軍”
“是”一衆慶尚水軍將士紛紛跟着元均朝着碼頭趕去
朱巍忙出聲勸道：“元水使莫急，待陸師長率水師大軍趕來再一同出兵迎戰也不遲。”
元均不以爲然道：“倭賊水軍不過是我手下敗將而已，不足爲懼。”元均頭也不迴帶着爲數不多的五六百慶尚水軍搭乘五艘板屋船出海趕去。
李舜臣見元均這混蛋總算是滾蛋了，有這莽夫在，只會令自己心煩意亂，李舜臣看向朱巍道：“元均性格魯莽，一向如此，使者不必介懷。”
朱巍有些擔心道：“就怕元水使遇上倭國水軍，身陷重圍。”隨即道：“陸師長請李水使率朝鮮水軍出海匯合後再一同進攻倭國水軍。”
又一艘偵緝劍船飛快划來停靠在碼頭，船上朝鮮水軍偵緝兵趕來並報道：“報，稟報水使大人，倭賊水軍先鋒已到閒山島以東海面，慶尚水軍正向閒山島趕去。”
李舜臣聞言大驚，忙下令道：“傳令，水軍將士隨我出海迎戰倭賊水軍先鋒。”
“是”一衆全羅道水軍將士紛紛領命登船忙駕船出海迎戰，近百艘全羅水軍大大小小戰船千帆竟過入滄海。
朱巍也忙搭乘一艘小型鷹船飛快划着前往停泊在海上的飛月船藉着繩梯登船，剛上到飛月船的朱巍朝着手下近百名將士下令道：“傳令下去，馬上隨朝鮮水軍揚帆出海迎戰倭國水軍。”
李舜臣率朝鮮水軍出海進入閒山島附近一片開闊的海域，朝鮮南部半島羣島呈犬牙交錯狀態，大大小小的水道交錯縱橫。日本水軍不熟悉朝鮮海域地形，每次都被熟悉沿海地形的朝鮮水軍誘敵深入偷襲包圍擊敗。
日本水軍的戰術是先派出快速的關船、小早突擊，然後迅速派出主力安宅船靠近並登船。日本水軍的戰術正中李舜臣圈套。朝鮮水軍以鶴翼陣將接近的日本水軍戰船包圍住，戰船上炮火從各個角度將被圍的日本水軍戰船摧毀。