肖天健在三月初的時候，再一次離開了南京城，踏上了前往北京的道路，雖然這一次北上，即便是他還想再來一次御駕親征，別說內閣大臣不同意了，就算是軍中諸將也絕對不會幹，所以肖天健很遺憾的只能選擇妥協，不過他還是決議，要儘可能的靠近戰場一些。
於是他便以順道前去巡視北京城定都之事爲由，到北京坐鎮，在那裡來直接“關注”此次北伐之戰。
在元月的御前內閣擴大會議確定了北伐作戰之後，大中朝這部龐大的戰爭機器便再一次高速的運轉了起來，這一次北伐不同於三年前的那次北伐，大中朝經過這近三年的發展之後，經濟基礎已經遠超當年相當多了。
最重要的是大中朝現如今已經沒有了南方和西北方向的後顧之憂了，可以集中國內更多的資源，來打這一場大決戰。
所以大中朝這一次纔可以調集起遠超過第一次北伐近一倍的兵力和海量的物資來進行這一次北伐之戰。
這樣大的軍事準備行動，是不可能瞞得住遼東的建奴的，所以索性大中朝這一次也沒有刻意隱瞞，大張旗鼓的在全國各地通過官府作爲喉舌，大肆宣揚建奴的殘暴，以及他們對漢人的威脅，並且宣佈要對建奴進行一次懲戒行動，號召國內各地富裕家族捐錢捐物或者購買戰爭債捲來支持這次對建奴的作戰行動。
這樣的宣傳當然會起到一定的效果，所以國內不少人還是支持此次朝廷的行動的，而且讓各地百姓感到放心的是，這次大中朝對建奴用兵，並未因爲軍隊的糧餉，而增加各地的賦稅，而是通過發售高息戰爭債捲來進行籌措，徵糧也是採用的拿錢從民間採購的手段，而不是效仿當年大明朝向百姓增派練餉、剿餉、遼餉，來將負擔轉嫁到百姓身上。
如此一來，老百姓身上的負擔並未因此增加，朝廷拿錢購糧，老百姓和一些富紳感念與大中朝廷對他們的寬厚，也願意將手頭的餘糧賣給官府，一些手頭有錢的人，一時間還沒有什麼開辦工商業的思想，加上大中朝目前推行的政策也限制有錢人進行土地兼併，手頭的閒錢只能屯在地窖裡面沒用，剛好大中朝又推出了高息戰爭債卷，對於這些有錢人來說，購買債卷既可以讓他們的財富升值，而且還讓他們可以撈一個忠君愛國的名頭，於是戰爭債卷這次發售的效果相當不錯，各地有錢人紛紛出錢購買，很快便讓大中朝廷募集到了大量的戰爭資金，解決了戶部缺錢支撐這次北伐作戰的問題。
有了錢，購糧也就容易多了，大批屯與民間的糧食被集中收購起來，然後開始通過各種途徑，朝着北方轉運。
爲了減少陸路運輸消耗過大的問題，此次南方各地物資的北運，大中朝還是決定以水路運輸爲主，而這一次支撐北伐作戰的運輸主力，已經不是天元元年時候主要依靠運河漕運運輸了，現如今隨着鄭家集團的投降之後，大中朝又傾盡力量打造海上力量，並且鼓勵私人建造海船，也取消了大明朝對於海船建造不能超出雙桅四百料的限制，讓民間有錢人和造船工匠們可以放開手腳想造多大的船就造多大的船。
於是這短短兩年時間，沿海各地以及各大江河上早已衰落的造船業便再次開始復興了起來，一個個民間的造船廠開始興建了起來，一旦民間力量爆發出來，是相當可怕的，所以這兩年來各地下水的船隻數量越來越多，本來比較平靜的海面上，這個時候再一次開始出現的點點帆影。
運河上的漕船雖然可以提供比較強的運輸能力，但是比起海運來說，卻差的遠了，所以這一次南方朝北方轉運作戰物資的主力，便換成了海船，大批物資在各地裝船之後走海路，沿着海岸線北上，承擔了這次北伐的運輸主力。
爲了籌備這次大規模的軍事行動，兵部指定運河終端的通州爲運河漕運的物資集結點，而因爲海路運輸此次爲主，所以乾脆肖天健便着令將山海關作爲一個海運物資的下貨集結點，反正後世的秦皇島港，本來就是北方著名的天然不凍港，這個時代因爲小冰川時代的原因，雖然冬季渤海海面會結冰，但是二月之後，海冰便已經開始融化，不會再影響到船隻行駛和進出港口了。
故此肖天健下旨，令駐守在山海關的大中軍主導，永平府徵調當地民壯迅速的在山海關選擇地點建立碼頭和大量的棧橋，以供隨後而到的大批海船停靠卸貨，並且在山海關內建立一個龐大的物資儲備點，接受囤積北運的各種作戰用物資。
同時在膠東的威海衛和登州兩地，也成爲了兩處接受物資的重要儲備地和軍隊的集結地。
而承擔這些運輸的船隻，大中朝也沒有都讓海軍來負責，而是開放給民間的民船，來幫助朝廷進行運輸，而不是採取的強迫徵用的手段，凡是承擔這些貨物運輸的民船，都可以獲取到朝廷開出的運費，確保他們利益不會因此受損，民間的船東自然對此拍手稱賀，踊躍參與這種運輸。
故此二月之後，大批物資便開始通過運河的漕船和大批海船開始源源不斷的朝着北方行去，而且駐在南京的近衛軍也奉命開拔，在鎮江、揚州、南京等地登船，直接乘坐漕船北上，如此一來，不但減少了途中長途行軍的消耗，而且讓軍隊免去了徒步長途行軍之苦。
肖天健在三月間也踏上了北上之路，這一次盧象升因爲是總理大臣，要在後方負責主持政務，故此很遺憾的沒有能跟着肖天健北上，所以這一次跟着肖天健北上的還是以李信和兵部的參謀部人員爲主，一行人乘坐了十幾條漕船浩浩蕩蕩的沿着運河朝着北京方向行去。
一路無話，肖天健一行人經過二十天的行程之後，終於抵達了北京城，而北方的軍方和文官都得到了消息，羅立、王承平、刁正和現任順天府知府張爾忠等人早已提前在通州等候迎駕了。
肖天健的座船一到通州碼頭，這裡便鼓號齊鳴了起來，提前到達的劉耀本所部的近衛軍和羽林衛早已將碼頭一帶控制，佈置下了嚴密的警戒線，確保肖天健一行人的安全。
肖天健登岸之後，和諸臣見面，稍作寒暄，也不在通州多停留，簡單的詢問了一下通州物資囤積的情況之後，便立即帶着這些人趕往了北京城。
再次進入北京城，讓肖天健感慨良多，眨眼間距離上一次離開這裡，已經快兩年多時間了，當再一次踏入這座雄偉的都城的時候，此地當年戰爭的遺蹟已經消失不見了，那些戰損的城牆以及垛口，都已經被徹底修復，雖然按照肖天健的聖諭，各地包括北京，都不能大興土木重建或者新建城牆抑或是衙門之類的東西，只能在原有基礎上修繕，而且不需追求奢華，儘量減少財政支出，但是北京畢竟已經被確定爲未來的大中朝的都城，前期被各部派來準備的人員，還是儘可能的讓這裡恢復的好一些。
故此北京城和肖天健上次離開這裡的時候，變化還是相當大的，城牆上變得乾淨了許多，城牆上的裂縫也被修補了起來，變得比以往更加莊嚴巍峨的許多。
走入城中之後，肖天健還注意到了一個情況，那就是北京城這兩年變得乾淨了許多，原因很簡單，肖天健知道歷史上在這一年的下半年，北方很可能出現了大規模的鼠疫，導致了李自成輕易便取下了北京城，後來李自成的大順軍也可能大規模感染了鼠疫，所以戰鬥力變得十分低下，最終導致了在清軍面前的潰敗。
不管這件事是不是真的在歷史上發生了，但是肖天健都很是重視這種可能性，這也導致了他決定推遲遷都到北京的時間。
爲了避免這種大規模鼠疫的發生，肖天健從去年初開始，便派出了太醫局的醫官們先行來到了北方，不單單是在北京城之中，包括整個北方個各個城鎮，都要求各地官員重視衛生的問題，儘可能的滅鼠，同時對多籌措生石灰不斷的在城鎮之中進行鋪灑，另外要求城鎮之中的垃圾安排人及時清理出城，以及人畜的排泄物也要想辦法處理。
結果導致了北方這一年多來，許多城鎮的衛生情況都發生了很大的改變，北京城作爲未來的都城，更是受到了重視，城內以前垃圾遍地的情況得到了改善，變得乾淨了許多。
肖天健看罷這樣的情況之後，放心了許多，現在北方局勢提前了幾年穩定下來了，流民減少，民生安定許多，這樣一來，可能會發生的鼠疫情況也就很大程度上被避免，故此肖天健對太醫局前期在北方的工作表示了滿意。
紫禁城還是當初的摸樣，肖天健並未令人對這裡進行修繕，主要修繕的也只是未來城中各部要使用的衙門，但是卻沒有擴建，只是在原有基礎上進行清理修繕和加固，所以耗費並不是很大。
紫禁城之中的大部分宮殿還是處於封閉狀態，僅留下了二百多名無處可去的前朝的太監和老宮女負責在紫禁城之中進行日常維護，另外這裡駐守了一個連的羽林衛負責紫禁城平時的安全，省的讓蟊賊潛入城中偷走裡面價值連城的寶物。
肖天健進入紫禁城，依舊還是僅開放使用了武英殿，一到這裡，他便召集諸將開始查問戰前的準備情況。