另外有關刑部方面，大中朝立國之初，因爲肖天健沒有找到合適的人選，所以刑部尚書之職便暫時空缺，但是這方面的事情卻並未停滯下來，他將之前俘獲的孫傳庭，任命爲刑部侍郎，暫時領刑部之事，因爲大中朝新立，尚未頒佈大中朝的律法，故此大中朝轄域之內便繼續以前朝的大明律爲依據，進行判罰。
這對於肖天健來說，在以前沒有時間關注這件事的時候，還可以接受，但是現如今北方已經暫時平定，大明實質上已經覆亡，所以大中朝作爲新朝，卻還使用前朝的律法，在他回到南京城有了時間之後，便是他不可接受的。
故此在肖天健一經返回南京之後，便着令刑部官員集中起一批熟知律法之人，全力投入到了新朝律法編修之中，經過兩個多月幾十個能吏的共同努力之下，一部在大明律基礎上重新修改編制的大中律便基本上被制定了出來。
這一部大中律業已呈交到了肖天健手中，肖天健仔細觀看了一番之後，提出了一些修改意見，雖然這部大中律，比起之前的大明律更加詳細實用了一些，但是遠沒有後世的法律詳細，而且沒有刑法和民法之分，但是在這個時代，倉促之間，要效仿後世頒佈一系列的法典，也是不現實的。
所以考慮到許多事情是要循序漸進才能逐步推行的，肖天健還是在年前的時候，硃批了這部大中律，下旨開始印刷刊行，年後下發各部以及地方官府給官員們熟悉並且提出意見進行最後修改，並且決定在年後三月間正式啓用，棄用之前使用的大明律。
考慮到時間倉促，其中肯定還有許多不完善之處，所以肖天健硃批的時候，特意將這部大中律加上了“暫行”二字，推行使用之後，發現不足之處，今後再進行修改，逐步的進行完善。
而且肖天健還下旨，將這本大中律發放各地之後，令人抄寫成佈告，擇地張貼出來，對全部民衆進行公示，派人每日進行宣講，讓民衆在推行此法之前，也初步瞭解此律，並以此來規範個人行爲，省的到時候推行起來，很多人不知道。
再者，肖天健認爲，古代地方行政官員權力太過集中，職責不清，所有民務全部一把抓，雖然有主薄、縣丞、捕頭、衙役等輔助人員，但是在司法上權力也太過集中，許多官員，雖然通過科考錄用，但是以明代推行的科舉考試，讀書人所學的面很窄，很多官員根本就不瞭解律法，主持一些刑罰之事，很容易出現冤假錯案，而且還是一個人說了算，也很容易滋生貪、腐之事。
故此肖天健認爲，行政權力不能太過集中，司法權要相對於獨立，而且司法權也不能太過集中，要對其進行分權，成立類似後世的警察、檢察官、法官相互制約的機制。
而且還有一個更重要的原因，就是現如今大中朝許多地方已經平定下來，先前雖然肖天健已經很注意讓軍方不要過多幹涉地方政務，但是在混亂的情況下，軍方肯定是需要先以武力平定地方，然後才能將權力交給行政官員，一旦地方局勢平定下來，軍方便不能再幹涉地方政務。
現如今已經被大中朝掌控的各地局勢正在逐步的平定，地方上的一些緝捕盜賊抑或是民間糾紛之事，就不能再依靠軍隊出面了，於是地方必須要有一個強力部門來完成這些事情，否則的話地方行政官員就不得不依靠軍隊，對於今後國家執政很不利，也很容易讓一些軍官干涉到地方政事。
而古代對於地方治安，在明朝主要是各州縣下面的捕頭以及捕快來行使這樣的職權，所以肖天健和諸臣商議之後，決定還是先在一些局勢已經平穩的州縣，恢復地方武力，來接替軍方暫時行使的權力。
明代州縣都設有捕頭帶領一些捕快來幹這種事，但是這些人朝廷官府卻不發工資，每年也不過只有十兩“工食銀”，這些人生活便只能自己想辦法來解決，故此明代捕快們對於地方危害很大，多要通過敲詐勒索之事，來滿足他們的生活。
恢復這樣的制度，肖天健肯定是不會幹的，所以他思量了一下之後，考慮到警察乃是後世的稱謂，決定還是定一個全新的稱呼，於是大中偵捕房這個類似於後世警察局的部門，便全新出爐。
偵捕顧名思義，偵就是偵辦各種案件，捕便是負責緝捕犯人，基本上概括了他們的職責，（不想使偵緝隊這個名字，偵緝隊在民國時期，名聲太臭了！）這麼一來，連帶以前州縣的仵作，也歸入到偵捕房之中，而且這些人的費用支出全部都由國家財政負責，每人每月都有薪資可以領取，這樣一來，他們便可以用薪資來養家餬口，不必非要靠着敲詐勒索收取賄賂來維持生計了，一定程度上可以控制他們的行爲，雖說表面上國家負擔增加了不少，可是實質上卻還是對於國家有很大的好處。
同時這個舉措的推出，也讓最基層的吏員們高興壞了，大明的官俸並不高，工資也就是發到縣官、主薄、縣城一級，當官的要自己掏腰包，養活一班子手下，本來明代官俸就在歷朝歷代裡面最薄，當官的還要自己養手下，另外還要養家餬口，還想要過體面的生活，於是當官的不想辦法摟錢，就真是見鬼了！所以在明代想要當一個清官，是非常難的，海瑞據說當官的時候，還差點把他老孃餓死！可見的這樣的制度並不適合。
於是明代官吏們爲了生活，便只能通過各種手段想辦法斂財，於是地方官便花樣百出的推出了各種潛規則，比如說臭名昭著的折色銀，淋尖踢斛等手段便紛紛出現，讓老百姓對此是深惡痛絕。
當初朱元璋也痛恨貪官污吏，對貪官採取了極其嚴苛的手段進行懲罰，甚至於剝皮實草，可是貪官卻怎麼都殺不絕，割韭菜一般的割一茬又一茬，貪官們也前赴後繼，繼續幹！這也是一個重要原因。
基層官吏可以通過各種實權斂財，高級官員自然也不甘示弱，處處伸手，到了明末崇禎年間，錦衣衛和東廠的權力被削弱之後，官員們斂財更是肆無忌憚了起來，朝廷開始的時候也不是撥不出糧餉，可是戶部撥發下去的糧餉，經過官吏和軍將們的層層盤剝之後，到當兵的手中，已經所剩無幾了，這也是明軍戰鬥力不強，另外還有大批明軍乾脆直接造反的原因之一。
大中朝既然新立，這方面的事情，便不能再重蹈大明的覆轍了，所以肖天健雖然手頭不寬裕，可是對於官吏和兵將們們的俸祿，卻絕不吝嗇，各級官員所定薪俸都相當高，而且減少官員之間的等級差距，讓官吏們憑藉着所領的薪俸，便足以養家餬口，過上比較體面的生活。
雖然高薪養lian不見得就是治理官吏貪fu的終極辦法，可是一定程度上，也讓有點良知的官吏們不會再像以前那樣橫徵暴斂中飽私囊了，再加上監察院暗訪使流動到各地監察，大中朝官吏們想要貪墨，就要冒很大的風險。
肖天健的想法很明確，老子給你們錢花，讓你們有錢花，還能過的不錯，但是如果你們這些官吏，還敢伸手的話，那麼對不起，老子再殺你們的時候，就用不着客氣了！
這也是變相的提高了官吏們的犯罪成本，既然在生活有保障的情況下，再伸手他們就先要考慮一下，一旦被抓住，抄家問斬對於他們來說值得不值得了！監察院說白了，也就是類似後世香港的廉政公署，專門收拾那些無良官吏，再加上今後推行司法獨立制度，肖天健相信通過各種手段，還是可以控制官吏貪fu的問題的。
偵捕房的設立，並不是一句話的事情，這些人不但要身手矯健，而且這些人在入職之前，全部都要先讓人對其宣講大中律，另外肖天健還下旨，重新大量刊印宋代法醫專家宋慈所著法醫專著《洗冤錄》下發地方，供各級偵捕房人員以及仵作學習之用，省的這幫傢伙都是粗人，辦出太多的蠢事。
警察的問題解決了，那麼下一步就是檢察官和法官的問題了，這一點肖天健決定從上至下進行改革，類似法院的東西，古代也不是沒有，大理寺其實就是相當於國家最高法院，所以肖天健就現在大理寺下手，令大理寺今後便執掌審判之事，名爲大理寺，實質上行的便是後世的法院之職，人員也都以熟悉法學之人充任，職權獨立，不受任何人干涉，名義上只對皇帝負責，擁有完全獨立的審判權力，省的各級官員動輒就插手干涉審案之事。
而且肖天健決定，將大理寺先設置到地方的府一級地區，今後條件好了之後，再朝州縣一級鋪開。
這一下法院系統也就建立了起來，接着肖天健便又在刑部下設置了司獄系統，這個司獄古來有之，就是專司執掌牢獄之事，所以不算是新創，不過卻要在全國今後建立起專門的監獄，以供罪犯服刑之用。
犯罪的人，該殺的殺，罪大惡極之人，還是判處凌遲，這在這個時代，這種酷刑還是有存在的必要的，畢竟人權這東西，現在還沒人提出來，肖天健也認爲，有些混賬東西，颳了都不解恨，所以他並未廢止凌遲之刑！另外判處死刑的，也可以斬首，罪責輕一點的也可以判絞刑，總之根據犯罪輕重，死刑方式也進行區分。
對於那些罪不至死的罪犯，就判決活刑，活刑之中，又分爲徒刑和體罰之刑，體罰類的刑罰，肖天健下旨廢除了割鼻、挖眼、割耳朵、穿面這一類的酷刑，而是改爲了鞭撻。
肖天健很欣賞後世新加坡的鞭刑，認爲通過這樣的鞭刑，也可以懲治一些犯錯之人，讓他們體驗到犯罪的可怕，今後不敢輕易再犯，但是割掉鼻子、耳朵，就太殘酷了一些，所以他便以鞭撻之刑，替代了這些使人致殘的酷刑。
徒刑就好說了，肖天健決定，對原來的徒刑加以改善，在各地設置類似於後世的監獄，讓判刑的犯人進入到監獄之中服刑，這麼一來，可以集中罪犯，來充當免費勞役，集中起來幹一些活，比如說國家出資的修河堤、修路、開墾農場、開礦之類的事情，讓這些罪犯去幹，還是比較合適的！省的還要白花錢養活他們，勞動力是要充分的利用起來的。
但是肖天健沒有徹底取消流刑，因爲他又另外的打算，今後大中朝肯定是要開疆拓土的，這一點他堅信不疑，而且今後開拓的疆土，肯定生存條件會相對惡劣，單單靠着鼓勵漢人移民，先期難度很大，所以一些犯人便可以判處其流刑，先期將他們發放到邊遠之地負責開拓和建設基礎設施，當邊遠之地基礎條件好了之後，再鼓勵大批移民，而這些被判流刑之人，刑滿之後，便就地安置，不得返回原籍，使之成爲邊遠之地的原住民，以此可以加強大中朝中央對於邊遠地方的控制力。
於是通過這一番調整之後，刑部的權力被擴大很多，也將地方行政官員的審案權力收歸到偵捕房和大理寺和司獄這三個強力部門共同構架起來的獨立司法系統之中，爲以後大中朝的長治久安，先打下基礎。
本來肖天健還想立即推出檢察官的制度，但是考慮到時下這件事推行還不成熟，檢察官完全是一種全新的事務，即便是西方，也是在很久之後，纔有這種制度的，所以考慮再三之後，肖天健暫時沒有推行檢察官制度，但是這並不代表今後不會推行，反正今後他會專門設置一個司法學院，來培養這些司法人才，條件成熟之後，再推行也不遲！總之他就一個想法，那就是今後大中朝必須要逐步從人治社會，轉變到法治社會，這樣才能保證國家的長治久安。